Ким Ки Дук родился 20 декабря 1960 года в деревне Собённи в уезде Понхва южнокорейской провинции Кёнсан-Пукто. Вскоре семья Ким Ки Дука переехала в Сеул, где его отдали в сельскохозяйственную школу, не доучившись в которой, в возрасте семнадцати лет он устроился работать на завод.
В двадцать лет ушёл в армию, где прослужил пять лет в морской пехоте, потом два года провёл в церкви для незрячих, намереваясь стать священником.
В этот период усилилось его давнее увлечение живописью, и он отправился в Париж, где в 1990—1992 годах изучал изящные искусства. В 1993 году Ким Ки Дук получил награду Института сценаристов (Educational Institute of Screenwriting) за лучший сценарий к фильму «Художник и преступник, приговорённый к смерти».
Некоторое время он путешествовал по Европе и выставлялся как художник.
После ещё двух наград за сценарии состоялся его режиссёрский дебют — фильм «Крокодил» (1996).
Далее последовали фильмы: «Дикие животные» (1996), «Отель „Птичья клетка“» (1998) и экспериментальный фильм «Реальный вымысел» (2000), снятый десятью кинокамерами всего за 200 минут.
Самым известным в мире стал фильм "Весна, лето, осень, зима… и снова весна" (2003).
Среди других его поздних работ: "Время" (2006), "Вздох" (2007), "Ариран" (2011).
В 2012 режиссер выиграл Венецианский кинофестиваль с фильмом "Пьета".
Его стилистика отмечена провокационностью тем, эпатажем и страстью к показу гротескного насилия.
Последний свой фильм "Растворяться" (2019) он снял в Казахстане.